La Coordination Générale des Projets et Partenariats (CGPP) qui assure la coordination des activités des Projets et la mise en marche et le suivi des processus partenariaux avec les secteurs public et privé et les Partenaires Techniques et Financiers.

Les Unités ci-après sont rattachées directement à la CGPP :

• L’Unité d’Appui à la Conception et la Coordination des Projets (UACCP)
• L’Unité de Partenariat et de l’Agrégation Agricole (UPAA)
• L’Unité de Supervision et de Coordination des actions sur l’Agriculture Biologique (USCAB)

La CGPP dispose d’un « Pool Technique » chargé de la supervision des dossiers techniques spécifiques relatifs aux riz, élevage et lutte antiacridienne.

Le Coordonnateur de la CGPP a rang de Directeur Général de Ministère.

• L’Unité de l’Audit Interne et de la Lutte contre la Corruption (UAILC) ;
• L’Unité de Gestion de Passation des Marchés (UGPM).

La Direction de la Communication, du Système d’information et de la Digitalisation (DCSID) qui assure les orientations stratégiques da la communication, de la politique informatique et digitale du Ministère.

Elle comprend :

• Le Service de la Communication (SCOMM)
• Le Service du Système d’Informations et de la Digitalisation (SSID)

La Direction des Affaires Juridiques et Contentieuses (DAJC), chargée de l’élaboration et de l’étude des textes législatifs et réglementaires ainsi que la préparation des dossiers en Conseil de Gouvernement et Conseil des Ministres.

Elle comprend :

• le Service de la Législation et des Etudes (SLE)
• le Service Contentieux (SC)
• le Service de Préparation des dossiers Conseils (SPC)

La Direction des Ressources Humaines (DRH), chargée de la mise en œuvre de la politique du Ministère en matière gestion des ressources humaines.

Elle comprend :

• le Service de l’Administration du Personnel (SAP),
• le Service Médico-social (SMS),
• le Service de la Gestion des Carrières et de la Chancellerie (SGCC)

La Direction Administrative et Financière (DAF), chargée de la gouvernance administrative, financière et matérielle du Ministère et de ses organismes rattachés.

Elle comprend :

• le Service de la Logistique et du Patrimoine (SLP),
• le Service de Programmation Budgétaire (SPB),
• le Service Financier et de Suivi Budgétaire (SFSB).

La Direction de la Planification et du Suivi Évaluation (DPSE), chargée de la planification et du suivi-évaluation de toutes les activités du Ministère. Elle assure aussi le suivi–évaluation des activités des Projets et Programmes, des organismes rattachés ainsi que celles des Directions régionales.

Elle comprend :

• le Service de Planification et de Suivi Évaluation (SPSE),
• le Service de Suivi des Projets/Programmes et des Organismes Rattachés (SSPOR)

La Direction de la Vulgarisation et de la Professionnalisation des Producteurs (DVPP), chargée :

• d’assurer le développement, le transfert, la diffusion et la promotion de l’appui-conseil et des innovations en matière d’Agriculture ;
• de concevoir, définir et superviser la mise en œuvre des politiques et stratégies nationales de vulgarisation ;
• de promouvoir les innovations et valoriser les recherches agricoles ; et
• d’appuyer la structuration et la professionnalisation des Organisations des Producteurs avec la mise en place de toutes les instances d’organisation professionnelle des producteurs au niveau national jusqu’au niveau décentralisée.

Elle comprend :

• Le Service de la Vulgarisation Agricole (SVA)
• Le Service d’Appui à la Professionnalisation des Producteurs et à l’Entreprenariat Agricole (SAPPEA)
• Le Service d’Appui au Financement Rural SAFR (SAFR)
• Le Service de la Valorisation et la Transformation des Produits Agricoles (SVTPA) 

La Direction d’Appui à la Production Végétale (DAPV), chargée du pilotage et de la supervision de la mise en œuvre des programmes nationaux de développement des filières végétales prévus dans le Programme Cadre pour l’Autosuffisance Alimentaire.

Elle comprend :

• le Service d’appui au Développement de la Promotion Rizicole (SDPR)
• le Service d’appui au Développement des autres Filières Vivrières (SDFV)
• le Service d’appui au Développement des Cultures de Rentes (SDCR)

La Direction du Génie Rural (DGR) du pilotage de la mise en œuvre de la restauration des greniers à riz et de la création de nouveaux greniers à riz, de la mécanisation agricole, de la modernisation des équipements à travers les partenariats avec les Investisseurs et du Secteur Privé, ainsi que des aménagements hydroagricoles.

Elle comprend :       

• Le Service de l’Aménagement, de Réhabilitation et de l’Entretien des Réseaux Hydroagricoles (SARERHA)
• Le Service d’Appui aux Infrastructures Rurales (SAIR)
• Le Service de la Mécanisation Agricole (SMA)

La Direction de la Protection des Végétaux (DPV), chargée de la coordination des activités techniques dans le domaine de la protection des végétaux. Elle est l’autorité compétente sur tout le territoire en matière sanitaire et phytosanitaire des végétaux.

Elle comprend :

• le Service de la Phytopharmacie et du Contrôle de Pesticides et des Engrais (SPCPE),
• le Service de l’Inspection et de la Quarantaine Végétale (SIQV),
• le Service Phytosanitaire et de Lutte contre les Ravageurs (SPLR).

La Direction d’Appui à la Production et au bien-être Animal (DAPA), chargée de la mise en œuvre des stratégies de développement des filières de production animale en tenant compte des éleveurs en mode d’exploitation familiale, des fermiers modernes ainsi que de la promotion des innovations et de la technologie incluant l’identification électronique des bovidés. Elle appuie la gestion conservatoire, la gestion de l’amélioration génétique et des ressources génétiques animales ainsi que l’application des normes et des règles relatives à la protection des animaux.

Elle comprend :

• Le Service d’appui au Développement des Filières Ruminants (SDFR)
• Le Service d’appui au Développement des Filières d’Elevage à Cycle Court (SDFECC)
• Le Service d’appui à l’Amélioration Génétique et au Développement des Races (SAGDR)

La Direction des Services Vétérinaires (DSV), chargée de la conception, de la planification, de la coordination et du contrôle des activités en matière vétérinaire, elle est l’autorité compétente sur tout le territoire et assure l’application des normes zoo sanitaires édictées par l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OMSA). Elle exerce ces fonctions au niveau régional à travers les Vétérinaires Officiels (VO) et les Vétérinaires Mandataires. A ce titre, les Vétérinaires Officiels (VO) au niveau des Régions et les Vétérinaires Mandataires sont rattachés, sur le plan fonctionnel, directement à la Direction des Services Vétérinaires selon le principe de commandement unique édicté par la règlementation internationale sur la santé animale, mais ils sont rattachés hiérarchiquement au Service Régional de l’Élevage qui est chargé de la santé et de la production animale au niveau de la Région.

Elle comprend :

• le Service de Surveillance et de Lutte contre les Maladies Animales (SSLMA);
• le Service Santé Publique Vétérinaire et des Médicaments Vétérinaires (SSPVMV); et
• le Service des Inspections aux Frontières (SIF).

Les Directions Régionales de l’Agriculture et de l’Élevage (DRAE) sont chargées de la mise en œuvre de la politique du Ministère au niveau des Régions administratives, suivant les normes et les objectifs fixés par le Ministère et en tenant compte des spécificités de chaque Région.

Elles sont placées sous la tutelle administrative du Secrétariat Général. En collaboration étroite avec les Régions, les DRAE ont pour mission :

• représenter le Ministre au niveau de la Région,
• coordonner les interventions des secteurs de l’Agriculture et de l’Élevage,
• développer les systèmes agricoles et d’élevage performants de la production à la commercialisation ;
• établir un environnement favorable au développement de l’Agriculture et de l’Élevage dans la Région ;
• développer les aptitudes dans les secteurs publics et privés;
• créer des alliances pour négocier des ressources et identifier des opportunités commerciales nécessaires.

Le Directeur Régional de l’Agriculture et de l’Elevage a rang de Directeur de Ministère.

Au niveau des Chefs-lieux de Régions, chaque Direction Régionale de l’Agriculture et de l’Elevage comporte les Services suivants en fonction des besoins et des priorités régionales :

• Le Service Régional de l’Agriculture (SRA) 
• Le Service Régional de l’Elevage (SRE)
• Le Service Régional du Partenariat et de la Professionnalisation des Producteurs (SRPP)
• Le Service Régional du Génie Rural (SRGR)
• Le Service Régional de l’Administration, des Finances et du Patrimoine (SRAFP) 
• Le Service Régional du Système d’Informations, du Suivi Evaluation et des Statistiques Agricoles (SRSISESA)

Au niveau des Chefs-lieux de Districts : et à l’exception des Districts du Chef-lieu de Région, une Circonscription de l’Agriculture et de l’Élevage (CIRAE) sera mise en place en fonction des priorités. Elle coordonne le travail des Techniciens Conseillers Agricoles qui assurent l’encadrement et l’appui technique des organisations professionnelles et des producteurs ainsi que le suivi de la mise en œuvre des activités du Ministère au niveau local.

La CIRAE dispose de :

• Responsable de l’Agriculture
• Responsable du Génie Rural
• Responsable de l’Élevage