Le Secrétaire Général seconde le Ministre dans l’exercice de ses fonctions. À ce titre, il est le premier responsable de l’administration du Ministère : il oriente, anime, coordonne et contrôle les activités des Directions Générales, des Directions Centrales, des Directions Régionales ainsi que des Services Centraux rattachés. Il assure également le développement des partenariats du Ministère. Il peut recevoir, par voie règlementaire, délégation de signature pour signer des actes au nom du Ministre, à l’exclusion des actes engageant l’Etat malagasy.